総量削減目標にした企業は排出実績の確定前に排出枠の交付を受けて一部を売却できる一方、原単位目標の企業は実績確定後まで排出枠を得られず、それまで売却できない。
原単位目標企業が多数占めたことで当面の取引件数は限定的になりそうだ。

原単位はエネルギー使用の効率を示すため、効果が上がっても総排出量の削減につながらない可能性がある。排出削減の実効性の問題が浮上する懸念もある。

政府は企業ごとの目標を明らかにしていないが、日本鉄銅連盟やリコーが総量目標、東芝やパナソニックが原単位目標を掲げている。